MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Clostridium difficile BI1 plasmid pCDBI1

Total Repeats: 228

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017176	ATTA	2	8	333	340	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017176	TAT	2	6	357	362	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017176	A	6	6	367	372	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017176	A	7	7	1344	1350	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017176	GAT	2	6	1356	1361	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017176	GTT	2	6	2296	2301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017176	TAT	2	6	5637	5642	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017176	TTA	2	6	6092	6097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017176	GAAA	2	8	6191	6198	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017176	AGA	2	6	6199	6204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017176	GTT	2	6	6226	6231	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017176	GTA	2	6	9646	9651	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017176	TA	3	6	9650	9655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017176	TTTTA	2	10	10188	10197	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017176	GGA	2	6	10198	10203	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017176	TGG	2	6	10847	10852	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017176	TAAT	2	8	10860	10867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017176	A	6	6	10891	10896	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017176	AT	4	8	10902	10909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017176	AAGG	2	8	15820	15827	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017176	A	7	7	17333	17339	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017176	T	8	8	17818	17825	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017176	AAT	2	6	17838	17843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017176	T	6	6	17848	17853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017176	TA	3	6	17857	17862	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017176	T	6	6	17863	17868	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017176	TAA	2	6	17880	17885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017176	A	7	7	17884	17890	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017176	AGG	2	6	18190	18195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017176	TTG	2	6	19472	19477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017176	CAAT	2	8	19485	19492	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017176	AGG	2	6	19511	19516	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017176	AAT	2	6	19573	19578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017176	AGA	2	6	19588	19593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017176	AAT	2	6	19657	19662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017176	AATC	2	8	19671	19678	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_017176	ATA	2	6	19689	19694	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017176	TGG	2	6	19708	19713	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017176	TAC	2	6	19744	19749	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017176	AAAT	2	8	19803	19810	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017176	AGA	2	6	19854	19859	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017176	A	6	6	19876	19881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017176	AAAAAT	2	12	19942	19953	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017176	AT	3	6	19963	19968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017176	CAT	2	6	19972	19977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017176	TAA	2	6	20019	20024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017176	TAA	2	6	20037	20042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017176	CATC	2	8	20055	20062	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017176	TTG	2	6	20192	20197	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017176	ATT	2	6	20216	20221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017176	TTC	2	6	20222	20227	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017176	ATA	2	6	20314	20319	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017176	A	7	7	20323	20329	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017176	ATC	2	6	20332	20337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017176	CTTT	2	8	20343	20350	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017176	TAA	2	6	20367	20372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017176	TAAA	3	12	20412	20423	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017176	TAT	2	6	20439	20444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017176	TTTA	2	8	20457	20464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017176	AATAAA	2	12	20474	20485	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017176	T	6	6	20489	20494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017176	T	7	7	20549	20555	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017176	TAAA	2	8	20581	20588	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017176	A	7	7	20586	20592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017176	CTA	2	6	20595	20600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017176	TAT	2	6	20601	20606	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017176	CCT	2	6	21497	21502	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_017176	A	6	6	21504	21509	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017176	AT	3	6	21528	21533	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017176	TAT	2	6	21542	21547	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017176	T	6	6	22712	22717	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017176	TTA	2	6	22735	22740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017176	AT	3	6	22749	22754	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017176	T	6	6	22797	22802	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017176	ATA	2	6	22803	22808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017176	T	6	6	22817	22822	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017176	TA	3	6	22841	22846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017176	AC	3	6	22854	22859	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_017176	A	8	8	22877	22884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017176	AT	3	6	22894	22899	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017176	T	7	7	23402	23408	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017176	ATT	2	6	23411	23416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017176	ATA	2	6	23761	23766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017176	CTT	3	9	23771	23779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017176	T	7	7	23815	23821	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017176	AAT	2	6	23838	23843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017176	T	6	6	23855	23860	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017176	CTATT	2	10	23861	23870	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017176	ATAGA	2	10	23879	23888	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017176	A	7	7	23888	23894	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017176	AT	3	6	23919	23924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017176	TA	3	6	23954	23959	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017176	ATT	2	6	23962	23967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017176	TAA	3	9	23999	24007	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017176	ATA	2	6	24048	24053	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017176	AAG	2	6	24059	24064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017176	ATA	2	6	24098	24103	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017176	GGA	2	6	24291	24296	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017176	CTT	2	6	24343	24348	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017176	ATG	2	6	27230	27235	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017176	ATG	2	6	27252	27257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017176	ATG	2	6	27274	27279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017176	ATG	2	6	27296	27301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017176	ATG	2	6	27318	27323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017176	ATG	2	6	27340	27345	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017176	ATT	2	6	27376	27381	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017176	T	7	7	27464	27470	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017176	A	6	6	27476	27481	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017176	TATT	2	8	27488	27495	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017176	AAT	2	6	27525	27530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017176	GAA	2	6	27552	27557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017176	T	6	6	27558	27563	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017176	AT	3	6	28363	28368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017176	TAC	2	6	28787	28792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017176	T	6	6	28800	28805	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017176	AATTT	2	10	28832	28841	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017176	T	6	6	28873	28878	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017176	AATT	2	8	28881	28888	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017176	A	6	6	28897	28902	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017176	TAT	2	6	28930	28935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017176	TAAA	2	8	28941	28948	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017176	TTAT	2	8	28949	28956	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017176	A	6	6	28984	28989	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017176	ACA	2	6	29033	29038	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017176	TA	3	6	29049	29054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017176	TAA	2	6	29057	29062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017176	TCA	2	6	29127	29132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017176	ATTA	2	8	29136	29143	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017176	T	6	6	29746	29751	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017176	TAT	2	6	29756	29761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017176	ATAA	2	8	29762	29769	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017176	A	6	6	29796	29801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017176	AGA	2	6	29867	29872	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017176	TA	3	6	29873	29878	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017176	TACG	2	8	29909	29916	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017176	AAT	2	6	29932	29937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017176	A	6	6	30009	30014	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017176	TAG	2	6	30023	30028	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017176	A	6	6	30145	30150	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017176	ATG	2	6	30180	30185	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017176	A	7	7	30187	30193	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017176	AATC	2	8	30198	30205	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017176	AATA	2	8	30230	30237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017176	A	6	6	30671	30676	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017176	CAAAA	2	10	30678	30687	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017176	A	6	6	30691	30696	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017176	A	6	6	30698	30703	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017176	ATGA	2	8	30742	30749	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017176	TAA	2	6	30754	30759	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017176	AG	3	6	30772	30777	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017176	AAT	3	9	30781	30789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_017176	AAT	2	6	30935	30940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_017176	TAAA	2	8	35241	35248	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_017176	TTA	2	6	35986	35991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_017176	A	6	6	38514	38519	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.